Lo podrias hacer con una aplicacion externa, desarrollada con .net por ejemplo.
Dicha aplicacion se conectaria directo a la database DB2 y recuperaria la info, el mismo .net puede implementar la conexion al webservice para enviar los datos.
Otra opcion es que si son archivos .txt que se guardan en el IFS del AS/400 el .net se puede conectar por FTP o bien via una unidad de red, tomar el archivo, hacer la conexion al webservice y enviar la info.
Saludos
Juan Arturo Gomez
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