Hola,
hacer una animacion frame by frame es mejor por ejemplo para hacer mini peliculas. O sea historias animadas, como caricaturas donde los personajes tendran un movimiento determinado.
Motion tween ayuda en casos en los que la animacion interactue con el usuario, y el movimiento dependa de acciones realizadas por dicho usuario, por ejemplo que un objeto se mueva a la posicion donde se encuentra el puntero del mouse.