HTML - Problemas menú DHTML y explorador archivos

En la página web que estoy haciendo tengo un iframe en el cual muestro los archivos del servidor simplemente poniéndole como src la ruta dirección de la carpeta que quiero mostrar. De esta forma me carga el explorador de windows en el iframe.
También tengo un menú con desplegables hecho con DHTML. Estos menús, al desplegarse, deben superponerse al iframe.
Todo funciona correctamente si en el iframe cargo páginas web, pero al mostrar el explorador de windows, el menú siempre queda tras éste.
He probado incluyendo el iframe en una capa y modificando z-index, también con css, poniendo al iframe un fondo transparente, he intentando solucionar el problema como si se tratara de un objeto flash... pero ninguna de estas opciones me ha dado resultado...
Yo creo que el problema está en que siempre dibuja el explorador en último lugar, y por eso siempre se ve el menú debajo.
Muchas gracias de antemano!