HTML - Sistema de archivos y carpetas de un sitio web

Hola a todos, desde hace tiempo tengo dudas de cual sería la forma mas óptima de crear el sistema archivos y carpetas, es decir la estructura de un sitio web sin usar ningún framework. Se que las principales carpetas que se crean son:
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Si una web con el paso del tiempo se hace mas grande (crece en archivos .html, .php) ¿Cuál sería la mejor forma de organizar todos esas páginas (archivos .html, .php), que se encuentran en la raíz del sitio web?

Esto se puede ver mas claro con un ejemplo práctico. Imaginemos la web de un super mercado, pudiendo agrupar las páginas .html, que la componen en diferentes categorías (carpetas):
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¿Sería conveniente crear tantas carpetas como categorías tenga la web, como por ejemplo, la carpeta frutas, que contendría los archivos: index.html (página que muestra la lista de frutas), pera.html, manzana.html, fresa.html, melon.html, platano.html?
Para que se visualice mas claro:
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De esta forma, para acceder a fresa.html se tendría la URL www.supermercado.com/frutas/fresa.html , mientras que si no se crearan carpetas por categorías, estarían todos los archivos en la raíz del sitio, quedando la URL wwww.supermercado.com/fresa.html.
Tambien he leido que se podría crear dentro de la carpeta frutas, las carpetas: pera, manzana, fresa, melon y platano y dentro de cada una de ellas un archivo llamado index.html, quedando la URL para el ejemplo de fresa www.supermercado.com/frutas/fresa/ , esta última estructura facilitaría crear las migas de pan con PHP.

Es un ejemplo sencillo, pero puede trasladarse a todo tipo de sitios webs, que puedan organizarse por categorías y por consiguiente quedar algo mas ordenado. ¿Qué opináis sobre estos tres tipos de crear la estructura del sitio web? ¿Qué usáis vosotros?

Usa un CMS y no te preocupes de dónde quedan las carpetas.
Si yo fuera el propietario del supermercado, me gustaría que mis clientes encontraran la interface amigable y la información que necesitaran con pocos clicks.
Si hay herramientas úsalas.
Ocupa tu tiempo en cosas nuevas, en mejorar las herramientas actuales, en hacer que la gente se gaste la pasta en tu producto o en tu servicio.
Si vas a inventar la rueda, que sea una que solucione los problemas de las actuales.
Tratar de inventar la rueda, tropezando en las mismas piedras que han tropezado todos los inventores hasta la fecha es una pérdida de tiempo.

Hola Martha, agradezco tu respuesta. Usar CMS no está mal, pero también saber cómo se hacen las cosas es fundamental para un profesional que se dedique a realizar webs, aplicaciones webs o aplicaciones informáticas en general. Me hablas desde el punto de vista del propietario del supermercado, yo te hablo desde el punto de vista del desarrollador. Lo mas normal que el propietario del supermercado no tenga ni idea de XTHML, CSS, JavaScript, PHP, MySQL, SQL, editores de imágenes, nociones de usabilidad, UX, UI, diseño gráfico, programación, etc, y necesite de algún CMS para crear algo. Con todo esto no quiero decir que no sea viable usar un gestor de contenidos para un desarrollador, ya que existen módulos para casi todo y si no existe puedes creártelo, pero siempre viene bien tener fundamentos si te haces llamar profesional.

Me gusta eso de "si vas a inventar la rueda, que sea una que solucione los problemas actuales", ¿pero si no sabes ni crear una rueda, vas a saber crear un coche completo o mejorar las ruedas actuales? :P

Solo quería decirte que lo más importante es el contenido, porque el continente está inventado.
Y que si lo quieres mejorar desde tu posición de desarrollador, estupendo.
Y ya que desarrollas en php y mysql, no, no haría una página para frutas y otra para cada una.
Haría una cabecerea común, un footer común y un cuerpo común, introduciendo cada fruta (foto, texto, descripción, etc) en una base de datos MySQL que pasarían al cuerpo como variables.
Mañana tengo una fruta nueva, y solo tengo que añadir cuatro datos a la base de datos, con lo que el mantenimiento de mi portal es más sencillo.
Saludos.

Estoy de acuerdo contigo Martha en lo del ejemplo de las frutas, pero la fruta es solo una pequeña parte del sitio web, el supermercado puede hacerse más grande y la sección frutería no tiene porque ser igual a la de pescadería. Es aquí dónde tengo dudas en la construcción de la estructura de carpetas. Todo esto visto desde una manera de organizar el sitio web, ya que perfectamente podría tener todos los archivos en la carpeta raíz del sitio web, pero no lo veo muy ordenado.
Un ejemplo mas claro al del supermercado sería una sección en un sitio web con el "nombre de la empresa", donde se encuentran las páginas: donde estamos, quienes somos, horarios, imágenes de la empresa, etc. con esta información tan variada, ya no hay una estructura común a todas las páginas (fotos, texto, descripciones), que se pueda guarda en una base de datos, es aquí donde entra mi duda. Siempre mirando desde el punto de vista global (supermercado) del sitio, no de una sola sección (frutería), es decir el sitio web no solamente tendría la sección "nombre de la empresa", podría tener 10 secciones y poder ir creciendo.

Te entiendo perfectamente, quién dice supermercado dice sitio web multiempresa, tipo 1&1, porque (lo siento) si vas a hacer el supermercado de “El Corte Inglés” quizá pescadería y frutería deberían tener la misma estructura para homogeneizar la imagen de marca.

Insisto en los CMS (blogger, Wordpress, Joomla, Drupal, DoorGets, etc.). Incluso siendo desarrollador tu tiempo es oro.

Mañana te llega un cliente, que se ha dado cuenta de que en el footer de su página el teléfono, o la dirección, o el email de contacto, están mal puestos (o han cambiado) y tienes que cambiárselo al portal entero. Supongamos que tu supermercado tiene 8 secciones, con 15 o 20 artículos cada una ¿Qué vas a cambiar el dato en 80 páginas?.

Sí, hubo un tiempo en el que las consultas se encargaban al departamento de sistemas y tardaban varios días en generarlas, y aun así era un avance.

Trabaja en el contenido. Deja la estructura a un gestor de contenido.

El tema que me comentas ya lo tengo solventado dividiendo la estructura de página en cabecera, cuerpo (cada página) y pie (estaría en la carpeta template). Cada página tiene incluida cabecera.php y pie.php, para que cuando se tenga que modificar, solo hacerlo en estos archivos.

Pero esto no es una discusión entre si usar CMS o programación desde 0, que daría para largo. Lo que me gustaría saber es cómo los desarrolladores de esta comunidad crea el sistema de archivos y carpetas de un sitio web o una aplicación web.

Entiendo que los CMS ahorran tiempo en el desarrollo, pero cuando un cliente te pide una plantilla especial, o un plugin que no existe, tendrás que currartelo desde 0 y aquí entra en juego los conocimientos que tengas para decirle al cliente si sabes hacerlo o por el contrario tu solo te bajas plugins y plantillas ya creadas y en tal caso no puedes hacer lo que te está pidiendo, porque no tienes ni la mas remota idea de como se hace.

Reitero que no quiero entrar a discutir entre CMS o desarrollo desde 0 y agradezco tus comentarios enormemente.