Java - Problema javahelp y jar

Buenas.

Estoy realizando el sistema de ayuda de mi aplicacion java con java help, he comenzado haciendo un ejemplo sencillo para comprender el funcionamiento de javahelp.
Si ejecuto mi aplicación desde el eclipse, se muestra correctamente la ayuda, el problema viene cuando intento mostrar el sistema de ayuda corriendo la aplicacion a través de un.jar de la aplicacion.
Concretamente el error que me da es:
javax.help.BadIDException. not valid ID.

Yo me supongo que sea un problema de rutas, puesto que en los archivos de ayuda, .hs en el mapref location hago referencia al archivo .jhm que esta en paralelo con el anterior, sin embargo he probado a poner toda la ruta completa del archivo y... evito la exception lanzada sin embargo no me encuentra los archivos de .html ya que me pinta las páginas en blanco.

espero haberme explicado más o menos ya que es un poco largo de explicar y por escrito peor.

Si alguien tiene alguna idea o le ha pasado also similar... le agredeceria la respuesta.
gracias.
un saludo.