Date fecha = new Date();
Calendar cal = Calendar.getInstance();
cal.setTime(fecha);
System.out.println(cal.get(Calendar.HOUR_OF_DAY)+":"+cal.get(Calendar.MINUTE)+":"+cal.get(Calendar.SECOND));
Con eso imprimirias la fecha por pantalla una vez, ahora solo te quedaría hacer un método que te la refrescase cada cierto tiempo. La clase Timer puede ayudarte a eso.
Si quieres que a la vez, se puedan ejecutar otros procesos de esa ventana, tendrás que usar hilos (trheads)
