Java - Se ejecuta en netbeans y no el jar que se genera

Podria alguno de ustedes apoyarme resulta que tengo una aplicacion que utiliza el JTwain para obtener facturas escaneadas, pero al momento de ejecutar en el netbeans me permite escanerlas y me aparece la pantalla pero al compilar el JAR no me deja ni ver la pantalla, estoy declarando la clase al inicio de clase que manda llamar el escaner, alguna sugerencia...