Hola Kyof:
Primeramente me imagino que lo vas a instalar en un SO Windows si es asi te recomiendo que lo hagas con InstallShield desde ahi configuras variables de entorno o en su caso algun programa adicional por ejemplo el JRE para que funcione tu aplicativo de Java.
Ahora referente a lo de Java primero deberas de hacer un Jar que se ejecute y mande a llamar tu aplicacion, esto seria como un .exe de algun programa de windows, pero para que te funcione este jar debera de tener instalado el jre dependiendo de la version del jdk que compilaste tus clases para hacer tu jar, ahora preguntas si se puede agregar una base ahi estas mal por que?
Una base se usa por que varios clientes van a accesar a ella, en este caso tu aplicacion no se de que se trate pero por ejemplo fuera una tienda te imaginas si cada pc donde instalastes la aplicacion se instalara un MySQL que pasara con los datos que cada maquina tendria datos diferentes, lo que debes hacer es instalar el MySQL en una maquina que sera tu servidor y mediante tu aplicacion que correra en cada maquina deberas de configurar por ejemplo un JDBC para que tenga acceso a la base de datos y para hacer eso solo debes bajar un Jar. de la pagina de MySQL y configurar los parametros de la base desde tu aplicacion que se ejecutara en cada maquina.
Espero que te sirva la explñicacion si deseas mas ayuda solo escribelo o escribeme a
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