Java - Cerrar ventana emergente

Hola,estoy realizando un programa de chat que llegado a un punto lanzo una ventana emergente donde un usuario puede escribir,mi problema surge cuando quiero cerrar dicha ventana sin cerrar el programa...no encuentro ninguna manera de hacer eso
¿Alguien puede darme alguna idea?
Gracias

Hola, en que estas haciendo el programa, java swing o html con ajax??

Si es en Java SWING, el problema es el manejador de tu ventana emergente, porque debe tener un System.exit(0) y por eso te cierra el programa, lo que puedes hacer es ocultarla solamente.

Saludos!!!