Java - Script que Ordene tablas de db2 en java

Lo que me gustaria saber por principio es como hago para que despues de leer un .txt en java, se asigne un parrafo a un string, es decir el archivo que lee es el archivo en donde estan guardadas las tablas de la base de datos, entonces hay que leer ese archivo y cada parrafo(tabla o vista) quede en un string

Lo que puedes hacer es barrer el txt:
1) Obtienes todas la líneas que digan CREATE TABLE....
2) A esas líneas cuando las tengas las puedes parsear, para lo que las necesites.

Aquí por lo menos te dejo el código de como barrer un file, lo puedes inicializar como File file= new File("C:\\script.sql");

public String getHeaders DataBase(File file) {
String strLine;
String file_to_string = "";
try {
BufferedReader input = new BufferedReader(new FileReader(file));
while ( (strLine = input.readLine()) != null) {
if(strLine != null){
if(strLine.indexOf("TABLE") != -1){ // Indica que de tu txt esta es una
//La puedes guardar para parsearla.
} // definicion de tabla
}
}
input.close();
}
catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}
return "Algun objeto donde obtengas los puros headers de tus tablas";
}

Saludos!!!