Java - ayuda por favor

Trabajo en una pequña aplicación en Java donde se crean dos informes en PDF a petición del usuario.
Si ejecuto la aplicación desde NetBeans, funciona perfectamente, crea cada uno de los informes cuando se le solicita y se crean en la carpeta donde se le indica que tienen que crearse. Sin embargo, cuando ejecuto la aplicación desde el .jar que crea NetBeans, me crea la carpeta, pero no crea los dos ficheros pdf.
Alguien podría ayudarme???
Muchas gracias.