Java - Como podría pasar una matriz de 127X127 a una lista de pares

Hola!
Como podría pasar una matriz de 127X127 a una lista de pares:
Q9UII2 Q9UHF1 Q14623 Q9Y5S8
Q9UII2 NA 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
Q9UHF10.0000000000 NA 0.0000000000 0.0000000000
Q14623 0.0000000000 0.0000000000 NA 0.0000000000
Q9Y5S8 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 NA
P15291 0.0000004071 0.0000000000 0.0000000000 0.0001093592
P15144 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
Q13685 0.0000603293 0.0000000000 0.0000000000 0.0000371927
Q9BY76 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000435892
..........

De forma que me quedara la siguiente representación:

Fila Columna
Q9UII2 Q9UHF1 0.0000000000
Q9UII2 Q14623 0.0000000000
Q9UII2 Q9Y5S8 .........

Y así las 127 filas.
Gracias!

Te ayudariamos mas si nos dijeras qué duda tienes respecto a este ejercicio.

Hola!
La duda es como hacer un programa para transformar lo descrito en el mensaje anterior.
Gracias.