Java - recomendacion

necesito crear una aplicacion que este corriendo en un servidor (no es un servicio) este programa va a realizar tareas diarias del tipo administrativo.

estoy usando ubuntu, creen que java estaria bien o me recomiendan algun otro lenguaje de programacion?

salu2.

Define un poco mejor "tareas de tipo administrativo" :)

actualizar bases de datos
mandar correos
mandar reportes
crear graficos
cancelar accesos
etc
etc
etc

Para hacer lo que necesitas no se necesita mucho. Debes mas bien entender que por ejemplo no hay muchos servidores gratis que alojen paginas jsp. Php es mas ligero y fácil y se utiliza mucho y para este si que puedes encontrar mas servidores. Pero las aplicaciones en java son mas robustas , seguras entre otros requerimientos no funcionales que deberías tener en cuenta.
Saludos,

Java, sin duda. No solo por el lenguaje en sí, sino por la cantidad de librerías que ya existen para ese tipo de cosas.
Por otra parte, si piensas hacer administración del S.O. más allá de utilizar los ficheros de configuración ... se te podría complicar un poco.