hola maria aqui te dejo un ejemplo que simula lo q estas pidiendo, solo que los caracteres estan predeterminados, las palabras las tienes que pasar y se van a ir guardando en un arreglo..como ya tengo el tamaño del arreglo predefinido recorro el con el while cada posicion del arreglo y inserto las palabras.
import java.util.Scanner;
public class Caracteres {
/**
* @param args
*/
public static void main(String[] args) {
// TODO Auto-generated method stub
char nCaract[] = { ',', '.', '*' };//arreglo con ejemplos de caracteres
String palabras[] = new String[10];//cantidad d palabras a guardar en el arreglo 10
int contador = 0;//contador
int cantAparece = 0;//llevar el control de cuantass veces aparece
Scanner in = new Scanner(System.in);//leer las entradas en este caso desde el teclado
//recorro cada posición del arrelgo para insertar las palabas
while (contador < 10) {
System.out.println("Entre palabra #" + (contador + 1));
palabras[contador] = in.next();//guardo la palabra entrada por teclado en el arreglo
contador++;//incremento a contador
}
contador = 0;//inicializo contador en cero
//aqui es donde se hace la comparación
for (int i = 0; i < palabras.length; i++) {//recorro el arreglo para tomar una palabra
for (int j = 0; j < nCaract.length; j++) {//recorro el arreglo para tomar un caracter
//tomamos la palabra del arreglo, la convertimos a un arreglo de caracteres y la recorremos
while (contador < palabras[i].toCharArray().length) {
if (palabras[i].toCharArray()[contador] == nCaract[j]) {//comparo si un caracter aparece en la palabra
cantAparece++;//incremento la variable
}
contador++;
}
System.out.println("El CARACTER " + nCaract[j]
+ " APARECE EN LA PALABRA " + palabras[i] + " "
+ cantAparece + " veces");
cantAparece = 0;//inicializo cantAparece en cero
contador = 0;//inicializo contador en cero
}
System.out.println("\n");
}
}
}