Java - Duda sobre software de proyectos

Hola a todos,

soy nuevo en la programación java. Quiero programar un software en java que me permita crear proyectos que luego pueda abrir, modificar, guardar,...en fin toda esa serie de acciones que se pueden realizar en los proyectos que se crean desde cualquier programa comercial. Por ejemplo, cuando se accede a MicrosoftWord aparece una interfaz gráfica principal y desde ella puedes crear nuevos proyectos, abrir proyectos ya existentes, etc...

Pues bien, he estado programando softwares sencillos utilizando netbeans y su facilidad para crear interfaces gráficas.
Mi duda es la siguiente. Una vez tengo, por ejemplo, una interfaz principal en la que tengo un botón ("Abrir nuevo proyecto") ¿qué se utiliza para crear un frame de ese nuevo proyecto?¿cómo se hace para que al guardar o cerrar ese proyecto se guarde en un archivo ."lo que sea" (.doc por ejemplo en caso de word) típico de mi software?
En definitiva, estos archivos de proyecto ¿son objetos, son otros softwares encadenados...¿
Se que es una duda compleja de explicar pero sólo pido unas pautas para que yo investigue por mi cuenta. Gracias a todos de antemano. Un saludo.