Java - estructuras de datos que se saturan

Saludos compañeros, en la aplicacion que estoy desarrollando manejo una matriz que puede llegar a ser bastante grande, de 1000 posiciones, con vectores tambien de la misma dimension, y es cuando se ralentiza todo, y a veces se queda bloquedo.
Como puedo saber si se saturan dichas estructuras, o a partir de que valores es cuando la memoria va mal ???

Espero que me haya explicado.
Agradezco su atencion. Gracias.