Java - Controlar flujos de datos de la consola de Linux

Estoy usando el NetBeams en Ubuntu y necesito mandar los flujos de datos de la consola para una aplicación visual hecha en Java. Es mas o menos lo que hace la libreria gtk en C++, pero necesito la solución usando Java.

Aguien sabe como manejar esos flujos de datos???

Saludos.

A ver si te entiendo, quieres que lo que muestras cuando haces System.out.println(",,"); en vez de ir a la consola, aparezca en ventanas de tipo GUI.
Para ello pueds usar los JOptionPane.
Supongo que tambien podrias hacer otro PrintStream que es lo que es realmente el "System.out", y redirigir ai las salidas.
Suerte y saludos

Quiero que cualquier cosa que yo escriba en mi aplicación sea interpretada por la consola y que cualquier respuesta de la consola yo pueda mostrarla en mi aplicación. Suena mas o menos como hacer una aplicación grafica para las aplicaciones de consola de LINUX, por ejemplo.
Gracias por la respuesta anterior.