Hola Mari Carmen !!
Yo estoy empezando con OpenGL tambien y desde mi poco conocimiento todavía jeje ...voy a intentar explicarte resumidamente. OpenGL es una API de creación de Gráficos 3D ( Open Graphics Library ). En el mercado hay 3 APIs digamos punteras para el desarrollo de juegos....Direct3D ( bajo Windows ) OpenGL ( para cualquier sist. operativo ) y la de MAC que no me acuerdo como se llamaba. Ya intuiras por donde va la cosa no?? jejeje.
Bueno algunos drivers de tarjetas gráficas estan programados solo en Direct3D ( cosa que hoy en día no es muy común ya que los fabricantes no se piyan los dedos, y lanzan los drivers de sus tarjetas tanto para Direct3D y OpenGL ). Algunos desarrolladores programan sus juegos en OpenGL, ya que esta API ofrece más herramientas y más calidad en ciertos aspectos que su competidora.
Por lo tanto, lo mismo eso de que te pida OpenGL al instalar algunos juegos, es que el driver de tu tarjeta no está actualizado, bajate la última versión de tu driver ( No tendrás problemas ). JAVA 3D creo que está implementado bajo Direct3D creo...no me hagas mucho caso jeje.
Si quieres crear juegos utilizando OpenGL tienes varias formas, te diré solamente para trabajar bajo Java:
te tienes que bajar una API de java que te permita hacer llamadas desde funciones java, a las funciones OpenGL del driver de tu tarjeta (OpenGL esta implementado en C y java al contrario que C es un lenguaje orientado a objetos ), hay 2 APIS:
JOGL y LWXJGL verdaderamente la segunda es mas orientada a la creación de juegos, implementa tanto OpenGL para los gráficos como OpenAL para el audio. JOGL tambien te puede servir y creo que irías más que sobrada jeje
Pues nada Mari Carmen espero haberte servido de ayuda, si no te ha quedado algo claro pues me lo dices e intentaré si puedo explicártelo mejor, yo también estoy empezando con Java + OpenGL asi que en lo que pueda ayudarte ya sabes.
Un Saludo.