Java - BreakPoint Thread

Hola, haber si algun guru mes sabe resolver una duda chunga.
Tengo un proceso que coge informacion de un fichero. A la hora de procesarla he de hacer consultas a base de datos por hibernate para que me retorne listado. Por ejemplo: ComandasPersistenceManager.buscar("pepe"). Pues asi unas cuantas, el problema viene porque cuando pongo breakpoints y voy debugando paso a paso me lo devuelve todo bien, pero cuando no debugo y dejo correr el proceso no me devuelve resultados, no se si es porque va muy rapido o que es lo que debe pasar, alguien tiene una idea?
Merci.