Matlab - Problema con ventanas en Matlab

Hola, estoy realizando un programa en Matlab y trabajo con dos GUI que deben ejecutarse una despues de la otra. El tema es que en las dos hay graficas (figuras) que se van graficando en forma dinámica a medida que se va realizando un cálculo. El problema es que cuando activo una o la otra GUI la graficas se mezclan y por ejemplo en la GUI que tengo activa se sigue graficando la figura que pertenece a la otra GUI. Porque sucede esto? Que debo hacer o setear para que cada figura se grafique solo en la ventana correspondiente?? Gracias desde ya.