Matlab - problemas con la deribada

A ver mi problema es el siguiente, yo tengo un conjunto de datos arbitrario pero muy largo como 200000 aproximadamente, en un vetor; necesito hacer una respuesta en frecuencia de estos datos con su derivada, ya q el resultado es mas claro q si se hace con los datos directamente, pues el problema esq al derivar con matlab la derivada no corresponde ya q tendrian q dominar las bajas frecuencias y dominan las altas.
Si yo calculo la deribada de esa señal en spike (otro programa) si q sale bien, y si en spike hago la respuesta en frecuencia de los datos de la deribada de matlab, tambien sale mal. Por lo que claramente el problema esta en como deriba matlab, pero esq no encuentro nada q se le pueda modificar a la funcion de deribar de matlab salvo el grado, y no encuentro ningun otro modo de deribar en matlab, alguien puede ayudarme?