Matlab - Llamada desde MATLAB a funciones en C

Hola, es la primera vez que escribo en este foro, así que aprovecho para presentarme.

Mi situación es la siguiente:
He creado un GUI. Este GUI es un identificador de rostros, que carga una imagen y la compara con un banco de imágenes mediante 4 métodos diferentes. Uno de estos métodos llama a dos funciones en C mediante las funciones MEX. Mientras los otros métodos tardan a penas 3 segundos en encontrar al individuo en la base de datos, este método tarda en torno a los 7 minutos. He comprobado que lo que ralentiza el proceso es la llamada a estas funciones C, ya que el resto del código se ejecuta rápido.
Ya que esos 4 códigos no los he programado yo (mi función es aunarlos y compararlos) no se si ese tiempo es normal, me imagino que no.
El problema es que no se como reducir ese tiempo, si es que se puede. La verdad es que estoy un poco perdido. Alguien me puede indicar si es normal, de que depende esto o si se puede disminuir de alguna manera?

Muchas gracias por anticipado y un saludo a todos los foreros