Matlab - estudiar propiedades de una imagen por zona

Hola buenas, escribo para ver si alguien podría darme alguna idea. Estoy haciendo una interfaz que me estudia diferentes propiedades de imágenes en escala de grises (son imágenes con puntos de luz), como intensidad, área de esos puntos, etc... La cuestión es procesarlas primero (eliminando ruido y tocando el contraste) y después estudiar las características. Con la imagen completa no tengo ningún problema, el problema llega cuando quiero estudiar una zona (o varias) seleccionadas a mi antojo.
El procesado lo puedo hacer perfectamente, creando una máscara binaria una vez que selecciono las distintas zonas que quiero procesar en la imagen, y usando "roifilt2" puedo hacerle el tipo de procesado que quiera a las distintas zonas de la imagen que me apetezca. El problema llega a la hora de estudiar las características, no puedo hacerlo por zonas.
Estoy utilizando regionprops (con una máscara que es la propia imagen pasada a binaria) y me funciona en la imagen entera, pero para zonas no se como hacerlo, pasándole otra máscara que no es la propia me halla las características de la máscara.
¿Existe alguna función que me permita aplicar la mía (la que me saca las propiedades) solo a determinadas zonas? Algo que funcione como "roifilt2" ya que esa misma no puedo usarla (al menos eso creo por las pruebas. O alguna idea de alguien. Puedo recortar esas zonas y hacer el estudio, pero me cargaría el centroide, y después necesito hacer un algoritmo de búsqueda por si el elemento se ha movido (estudio diferentes imágenes). Estoy desesperada.
Gracias de antemano

Puedes asignar la zona que deseas a alguna variable, y después hacer que tu función corra sobre esa variable...

Tú función se limita al tamaño de la imagen? a que si es cuadrada o no? si tiene columnas pares o impares? De lo contrario solo basta extraer la zona que desees a otra variable y volver a correr la función...

Saludos