Matlab - fft de musica

Buenas, tengo un problemilla con el calculo del espectro de las notas musicales de un piano. El tema es que me dan la nota en .wav, la leo con wavread que me da vector de muestras, frecuencia de muestreo y numero de bits. Al vector de muestras le realizo la fft. ¿Donde está el problema? El problema rádica en que las notas músicales estan compuesto del armónico fundamental y de armónicos parciales, entonces para notas de 440 hercio o superior me sale un espectro correcto, mientras que para notas graves (27 hercio, 110 hercios,..) sale tambien un conjunto de armónicos pero el fundamental no es el que tiene mayor amplitud y es que no se porque puede ser.

Espero que alguien me pueda ayudar.

Gracias por todo.

Un Saludo, Kico