Matlab - analisis fft matlab

Hola!Necesito aplicar un filtro que tengo definido por su respuesta en frecuencia(dada por su representacion en frecuencia), y usando la funcion fir2 de matlab no obtengo buenos resultados, de modo que me gustaria aplicar directamente el filtrado lineal en frecuencia a la transformada de la entrada usando fft, pero la entrada es muy larga y tendria que hacerlo por partes, ¿¿¿¿algun consejo????.Gracias.