Ms-Dos - Error al finalizar utilidad llamada desde un .BAT

Hola, he generado un CD Booteable para DOS, para que corra una utilidad DOS, en una maquina vitual. Pero todo funciona hasta que finaliza esa utilidad. Al salir de ella se pierde hasta la unidad que deberia ser A: . Hay alguna forma de guardar en el .BAT la configuracion del DOS antes de que corrra ese programa, para que cuando finalice pueda restablecerla?
Gracias por los comentarios que puedan brindarme