MySQL - Problemas con las ñ

Hola, esta es la primera vez que trabajo con mysql y la primera vez que escribo al foro...
Intentaré explicar cuál es mi problema: tenemos una aplicación web en windows (hecha en java) que consulta una base de datos mysql (version 5.1.58-community.log) ubicada en un servidor linux. Esta aplicación web genera ficheros *.xls que al abrirlos muestran caracteres raros (por ej. al mostrar la ñ).
Para crear las tablas de mi base de datos he utilizado la herramienta MySQL Query Browser (versión 1.2.14). Ej. de una sentencia generada por esta herramienta:

CREATE TABLE `errores` (
`coderror` int(10) DEFAULT NULL,
`descripcion` varchar(5000) COLLATE utf8_spanish_ci DEFAULT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_spanish_ci;

Me he dado cuenta de que si realizo un inserción desde mysql línea de comando (de linux):

insert into errores(coderror,descripcion) values(11111,'ñññÑÑÑÑ');

, y realizo una select desde mysql linea de comando, se muestra:

+----------+----------------+-
| coderror | descripcion|
+----------+----------------+-
| 11111 | |
,no reconoce la ñ...

Si esta misma acción la realizo desde mi aplicación web o desde la herramienta MySQL Query Browser, y realizo la select desde mysql linea de comando, se muestra:

+----------+----------------+-
| coderror | descripcion|
+----------+----------------+-
| 11111 | ñññÃÃÃà |

, pero desde mi aplicación web o la herramienta se ven bien la 'ñ'...
¿Cuál es el problema?

Gracias y un saludo.