MySQL - ayuda urgente con query

Hola amigos, este es mi caso:

Tengo un pagina para matricular unos estudiantes en la pagina debo seleccinar las materias que el estudiante tomara, para esto uso dos select, uno con todas las materias posibles para tomar y otro vacio en el cual voy pasando las materias que el estudiante tomara, Luego de haber llenado todos los datos y haber escogido las materias debo enviarlo a otra pagina para ser almacenados en la base de datos.
El problema viene en que no se como almacenar las materias escogidas.

No se como se almacena un array en una base de datos.

Mi tabla se llama amne y tengo dos campos uno llamado epnummer (es la cedula del estudiante)y donde queiro almacenar las materias se llama amne_v.
Las materias obviamente deben ir almacenadas segun la cedula del estudiante.

Podrian ayudarme a saber como almaceno las materias. No se si es con un update o un insert.
Mi codigo es el siguiente.

$epnummer=$_POST['pnummer'];
$choiceBox=$_POST['$choiceBox']; //aqui traigo las materias seleccionadas

//Aqui ago el ciclo para guardar las materias

for ($i = 1; $i <= count($choiceBox); $i++) {

$query1="insert into amne (amne_v) values ('$choiceBox[$i]')";

$query2="insert into amne (seleccion_v) values ('$choiceBox[$i]') WHERE epnummer=$epnummer";

$query3="UPDATE amne_v SET $choiceBox[$i] WHERE (epnummer=($epnummer)";
}

NO SE CUAL DE LOS 3 QUERY ES EL CORRECTO, NO SE SI ASI SE PUEDE ALMACENAR UN ARRAY .

PODRIAN AYUDARME A SOLUCIONAR ESTO

GRACIAS