MySQL - Versiones de MySQL

Estoy por subir una aplicacion web, al servidor de la empresa por cierto propio donde reside la aplicaciones, pero revisando tiene instalando el mysql 3.53.28 y yo he trabajado con la 5.0, desearia me oriente, deberia cambiar el mysql instalando la nueva o actual, o no habria problemas de ocupar la ya existente, mi aplicacion es en java con hibernate para el acceso a los datos.

Ya saben que migrar datos de mysql 5.0 debe ser complicado a la 3.53 si con la 4.0 ya da cierto complejidad y jamas he utilizada la version anterior.

Muchas gracias por vuestro comentarios o sugerencias