PHP - Ejecutar querry mySql en el servidor

Buenas....tengo un problema con unas consultas MySql que ejecuto en php que hace muy lento el navegador y aveces se cuelga o tira el mensaje de si quiero suspender la ejecucion del mismo. Me comentaron que si se ejecutaba el query en el servidor en lugar de el cliente esto se solucionaba...es asi? alguien puede darme una mano? muchas gracias