PHP - Duda - Seguridad

Hola a todos, hay alguna forma de proteger las carpetas de mi proyecto...

me explico mi Poryecto PHP esta en el servidor en un carpeta q se llama PROYECTO..

para acceder a el es algo asi: www.midominio.com/PROYECTO
pero dentro del folder PROYECTO tengo otras carpetas

|-PROYECTO
|------ Clases
|------ BD
|------ HTML

uso sessiones asi que cuadno abro unnacrivo me devuelve inmediatamente al index en PROYECTO...

pero sin emabrgo si pongo la ruta www.midominio.com/PROYECTO/Clases se depliega en el browser todos los archivos php q tengo en es carpeta.. como le sidje uso sesiones y si se intenta abrir uno de esos archivos envia al index... pero quiero q no se peuda nisiquiera q se depliguen los archivos es eso posible?

en una de esas carpetas guarda unos documentos .doc, ppt, xml, ..... q el suario peude cargar al servidor entonces si voy directamente a es aruta www.midominio.com/PROYECTO/HTML/Documentos se muestra todos los documentos q hay y estos si con solo darles clic se decargan del sevridor....

como hago para proteger eso


MUCHAS GRACIAS Y OJALA PUEDAN AYUDRAME NECESITO HACER ESTO....
MUCHAS GRACIAS :)