PHP - necesito un poco de ayuda con archivos de texto

Hola, tengo un problema con un archivo de texto alojado en el servidor.

Mi web permite guardar la fecha y hora de entrada del usuario en una lista guardada en una archivo de texto.
Funciona asi:
- El usuario entra en la web
- su nombre, fecha y hora se envia a un .php que lee Lista.txt y busca la linea donde esta el usario
y si existe modifica la fecha y la hora, si no existe añade una nueva linea con la información.

Esto funcona bien salvo que me he dado cuenta que a veces, solo a veces, la lista se duplica, (si hay 5 lineas se duplican de nuevo las mismas 5 lineas al final del archivo).

Creo que es debido a que se puede dar la coincidencia de que ha entrado un usuario antes de que termine el proceso del ultimo. Eso es posible??, tiene solución??

Alguien sabe como evitar que mientras no termine de guardar la información del primer usuario no deje que acceda otro??

gracias.
Esto me trae de cabeza.