RPG - Código CCSID

Estoy trabajando con Rational Team Concert (RTC), como antecedente todos los programas debemos cargarlos en RTC (carga única), tenemos programas que tienen colores en el código, al modificar su código en esta herramienta debemos bajarlos al AS400 para su compilación, como puente estoy utilizando el IFS (QSHELL), al bajar al IFS y ejecutar el comando scm.sh se cambia el código CCSID y al pasar al AS400 tengo caracteres raros y no compilan los programas, cómo puedo controlar esto si el programa scm.sh cambia el código.
Gracias desde ya por su ayuda.

OK lo resolví, cambié el seteo de editor del IDE y esto hizo que se respeten los códigos que viajaron desde el AS400. Gracias de todos modos