Buenas tardes Luis Alfonso.
No deberías de tener mucho problema, el cluster de Windows y SQL Server tienen una compatibilidad conjunta bastante eficiente, a mi criterio son una muy buena solución. De manera general puedes seguir las recomendaciones comunes, y extra esto es lo que te puedo aportar:
1) La infraestructura del cluster en sí, posee un error conocido con SQL Server. Este problema se da con el SQL Browser si posees instancias nombradas en el servidor. Acá te paso el artículo con la explicación detallada:
http://blogs.msdn.com/b/sql_protocols/archive/2006/02/27/unable-to-connect-to-a-sql-server-named-instance-on-a-cluster.aspx
2) No sé que versión irás a utilizar de SQL Server, pero te recomiendo utilices MS SQL Server 2008. Windows Server 2008 con SQL Server 2005 puede presentar algún que otro detalle, más a nivel del cluster. Te paso un enlace que he encontrado, igual tu busca más información al respecto:
http://support.microsoft.com/kb/936302
3) Ten en cuenta que si piensas tener instaladas varias instancias en el cluster, esto puede causarte problema de performance en un futuro. Vas a ocupar darle un buen mantenimiento a tus instancias y bases de datos.
4) La forma en como compartes los discos al cluster debe ser muy eficiente. Problemas de IO en una SAN son comunes para aplicaciones que realizan demasiadas transacciones (Experiencia propia totalmente).
5) Procura no utilizar el disco de C (o donde instales los archivos del cluster) para mover archivos constantes. Si por alguna razón el cluster posee algunos pequeños problemas de performance, y te pones a crear mas IO en este disco, puedes traerte abajo todas las instancias del cluster.
Para otros detalles, busca en google, como decía Erwin Romell:
"El sudor ahorra sangre, la sangre ahorra vidas, y el cerebro ahorra ambas cosas".
En nuestro caso no es sangre, pero si es nuestra responsabilidad mantener con buena disponibilidad la infraestructura. Importa más que gastes sudor y utilices tu mente, a que pongas en riesgo la "sangre" de tus plataformas. Algo poético :-).
Saludos.
Loría.
