SQL - Problema grande con registros

Buenas Muchachos!... soy un programador intermedio pero lo que me sucedio no lo he podido solucionar... tengo ke hacer una aplicacion que gestione una base de datos... es muy sencillo en realidad solo unos formularios unos insert's, update's y delet's y listo... pero el detalle es que la base de datos es un archivo .TXT que pesa 3.1 GB!!! hay unos 23 o 24 millones de registros y nose como manejarlos de manera ke sea mas eficiente a la hora de dar una consulta... el manejador de base de datos que estoy utilizando es MySql con SqlManager for MySql... logro meterle 40 mgb (que son unos 150 mil registros) pero cuando paso a los 50 mgb crash.. se parte en 2 el disco duro y me dice ke no tiene espacio T_T.... nose que hacer T_T algun tips que me puedan dar? Gracias!