SQL - Lentitud en SQL Server 2005

Tengo un programa que lanza unas consultas a una base de datos de SQL Server 2005, pero cada cierto tiempo (3 meses aprox) esas consultas tarda muchisimo (1 min y 30 min aprox), que lo normal es que tarde unos 5 seg.

Tienen alguna idea. Gracias

Saludos

Pueden ser muchos factores, ¿has hecho una traza de dichas consultas?, ¿Tienen indices tus tablas?, ¿No tienes interbloqueos?