TeX/Latex - Compilando varios archivos con distinto preambulo

Saludos al Foro.
Alguien me puede ayudar? el asunto es que estoy creando la Tesis en Latex, cada archivo tiene un preámbulo particular, que lo fui acomodando hasta que me dio lo que me exige el comité de estilo.
Mi pregunta es, puedo crear un archivo “Maestro” que me compile cuantos archivos particulares cree, cada uno con su preámbulo particular?.
Me explico mejor, crear un archivo que al ejecutarlo me cree un único pdf con cada archivo que posea en el directorio de la tesis.
Ya prové con \include y \subfile no hacen lo que yo quiero.
Les agredaesco la ayuda.
Miguel

¿No te vale con hacer cada archivo por separado y después juntarlos todos en un único solo pdf?

¿Qué es lo que cambia en cada preámbulo? Quizás puedes cambiar las cosas al principio de cada parte que quieras hacer diferente.