Visual Basic.NET - Controlar problema de timeout con base de datos Sql Server y consumo de WS.

Hola que tal, de ante mano agradezco que esten revisando mi mensaje y espero me puedan colaborar con este tema. El inconveniente que tengo es el siguiente. Tengo un codigo hecho en VB .net en el cual hago una conexion a una base de datos. Este codigo se ejecuta cada cierto tiempo, para lo cual manejo un timer. Es decir algo asi como un demonio que se esta ejecutando costantemente y esta modificando una data en una base de datos. El inconveniente es que dentro del codigo en algun momento debo consumir un WS (WebService) para actualizar una información en otro lado. El problema que tengo es que actualmente yo dejo una marca en la base de datos al final de cada procesamiento, despues de consumir el WS. Pero el problema es que me he dado cuenta que el WS se esta consumiendo mas de 1 vez por registro. A que se debe esto??... sencillo al abrir la conexion y procesar los datos todo va bien, luego consumo el WS y al final al dar la respuesta en algunas ocasiones me surge timeout con la base de datos. Por lo tanto no estoy pudiendo marcar los datos para que el WS no los vuelva a procesar.

Que me recomiendan en cuanto a logica de programación, o como hago para poder controlar que no pase mas de 1 vez por el WS, si se presenta timeout??... Debo evitar de alguna manera que el WS procese los mismos datos mas de una vez, el problema es que si no alcanzo a marcarlos en mi base de datos, entonces como puedo resolver este inconveniente?.

Agradezco su colaboración.

ABRO LA CONEXION
CONSULTO LA BASE DE DATOS
PROCESO LOS DATOS
CONSUMO WEB SERVICE
--- INTENTO ACTUALIZAR BASE DE DATOS (TIMEOUT NO SIEMPRE ALGUNAS VECES) ---
CIERRO CONEXION