A juicio de AdTI, la principal ventaja de un sistema operativo de código abierto como Linux; es decir, la libre disponibilidad del código fuente, conlleva un notable riesgo de seguridad. El razonamiento del instituto es que “todos pueden enterarse de la forma en que el sistema funciona” y, por ende, usar tal factor para operaciones de sabotaje. El informe recomienda incluso a las autoridades estadounidenses no migrar los sistemas informáticos oficiales a la plataforma Linux.
Incluso antes de su publicación, el informe ha motivado fuertes críticas, especialmente en los círculos de desarrollo y promoción del código abierto. Algunas fuentes incluso consideran que el informe fue encargado y pagado por Microsoft.
En tal sentido, un portavoz de Microsoft confirmó a Wired que la compañía apoya económicamente al instituto Alexis de Tocqueville, pero se negó a comentar si Microsoft había pagado por el informe.