ASP.NET - ataque de virus

Tenemos un problema de ataque de denegación de servicio distribuido que esta afectando mi aplicación Web. Mi servidor de aplicación esta dentro de mi red, el servidor de WebService esta en DMZ de mi red y el servidor de base de datos igual esta en mi red, mis usuarios todos entan dentro de la WAN. Y el servidor graba en el log de eventos este error: System.Web.HttpException: Request timed out.
he buscado en internet y me hablan de un httpRuntime executionTimeout, pero me tiene confundido si esto es en el web.config de la aplicación o del web service y que relación tiene con el timeout del web.config de la aplicación. O si cuando se corriga lo de los virus se estabilizara.