ASP.NET - Instalador de aplicación web

Estimados:

Tengo el siguiente problema:

Generé una solución que contenia proyectos web y librerias de clases
y como no tenia acceso al IIS la genere en una carpeta normal en el disco duro

luego pude instalar el IIS y modifique el proyecto web para que me generara un directorio virtual
lo cual me permitio que la aplicacion se ejecute en el IIS y la vea en el IIS, pero que debe haber
quedado referenciada a la carpeta original en el disco duro, ya que se quiero ver tal carpeta en la
direccion c:intepubwroot no existe.

Luego quise generar un proyecto instalador para distribuir la aplicación, pero este
instalador solamente me ha permitido llevar las dll en el archivo bin, pero no los demas recursos
como paginas .. etc

Yo supongo porque al parecer no encuentra los recursos c:intepubwroot?

Como puedo hacer para que me genere el instalador con todos los recursos?

Gracias y que la paz los acompañe