Tienes dos ambientes en una aplicacion web. Lo que corre del lado del cliente y programas guiones con Javascript por ser compatible con los navegadores mas usados o del lado del servidor y ahi puedes usar cualquier tecnologia disponible y en el caso de .NET puedes usar VB.NET, C#, o JSCRIPT.NET.
En el caso del cliente sera usar el objeto Window, mientras que en el lado del servidor tendras el objeto Server y los metodos Transfer o Redirect independiente del lenguage que uses...