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Ejecutable como tal no tendrás, sin embargo, cuando generas un proyecto ASP .NET, se genera un dll ubicado en tu carpeta bin que debes colocar en el servidor donde se ejecutará la aplicación, asi como las páginas aspx, el global asax y el web config en la carpeta correspodiente.
De esta manera no tendrás que entregarle a tu cliente el código ya que la lógica de la aplicación estará en el dll que estas distribuyendo