ASP.NET - ¿qué archivos debo dejar en mi sitio?

Hola amigos, estoy comenzando a programar en asp.net con C#, hasta ahora no he tenido mayores problemas...terminé un pequeño desarrollo y ahora lo tengo que dejar en un sitio.
El problema: tengo archivos .aspx y .aspx.cs y me dicen que sólo deben quedar los archivos .aspx.
Mi pregunta:
¿Donde dejo o en que directorio, los archivos apsx.cs?
¿Qué debo hacer con ellos?... dejarlo como dll (¿Cómo lo hago?)

He buscado información sobre eso y no encuentro nada.

Muchas gracias.

http://msdn.microsoft.com/en-us/asp.net/aa336618.aspx

Me imagino que vas a publicar tu SITE, para eso debes dar clic derecho a tu projecto web del cual elegiras la opcion Publicar o Publish Web Site, en la ventana que te mostrara debes seleccionar la ruta donde dejara todo el Site , todo lo que se genere deberas de copiarlo en el IIS para que puedan utilizarlo. Espero haberte ayudado.