Ejecutar programas de lado servidor es algo diferente, de hecho no puedes conectar con bases de datos, ni modificar archivos o paginas con scripts de lado cliente, son ejecutados de lado cliente en la maquina del usuario que no tiene que ver con el servidor..
En cambio al ejecutar en el servidor puedes modificar archivos y paginas que tengas en el y de hecho conectar con bases de datos...
Otra cosa es que cuando creo scripts de lado cliente con javascript los tengo que probar en varios exploradores para asegurarme que sirvan.. Ya que cada explorador tiene soporte diferente a cada lenguaje... En cambio si tu script te funciona de lado servidor le funcionara a todo el mundo ya que es independiente de sus exploradores, el servidor hace todo y le envia al usuario el resultado final en html...
Por ejemplo, si escribes en javascript 1+1, el explorador del usuario recibe 1+1 y el se encarga de sacar la cuenta... en cambio si lo escribes de lado servidor, el usuario recibe 2 de una vez... el explorador no saca ninguna cuenta... esto evita el problema hipotetico que un explorador interpretara el simbolo + como si fuera - lo que daria un resultado diferente del que queremos...
En realidad hay muchas diferencias, estas son solo algunas.
