Hola!
Te pongo un ejemplo porque no indicas cómo ejecutas esa consulta. Entiendo que no deberías tener problemas para adaptarlo a tu caso.
Imaginemos que la consulta de creación de tabla se llama "CCreaInventario", y que la tabla que se crea se llama "TInventario".
En ese caso, el código que ejecutaría la consulta y que establecería el campo que quieres como clave principal sería:
Lo dicho, tendrás que ajustar los nombres que yo he utilizado a los que tú manejes. Lo que sí debes tener en cuenta es que si los nombres de los objetos (consulta y tabla) que utilizas tienen espacios en blanco (como es el caso del nombre del campo) tienes que ponerlos entre corchetes.
Finalmente, ten en cuenta que el código no tiene ningún control de errores. Si te saltan errores tendrías que añadir ese control de errores para gestionarlos. Me refiero a errores de datos, como, por ejemplo, que un registro no tenga valor en el campo "numero de mercaderia", dado que ya sabes que una clave primaria no puede nunca contener un valor null. Y, en ese caso, la solución pasaría por examinar ANTES de ejecutar la consulta que todos los registros tienen valor en ese campo y, si no, tomar las medidas oportunas.
Como recomendación te sugeriría que echases un vistazo a este artículo para el tratamiento de nombres:
http://bit.ly/2bLmwY6
Saludos,
Neckkito
http://bit.ly/neckkito