Es posible que el archivo de acceso directo se esté eliminando después de la ejecución de la macro de Access. Podría intentar modificar el archivo .bat para que espere un tiempo después de que se cierre Access antes de continuar con el resto del proceso. Para hacerlo, agregue el comando "timeout" seguido de la cantidad de segundos que desea esperar. Por ejemplo:
Esto esperará 5 segundos antes de continuar con el resto del proceso. Ajuste el número de segundos según sea necesario. También puede intentar agregar el parámetro "/nobackup" al final del comando de inicio de Access, lo que evitará que se cree un archivo de respaldo temporal después de que se ejecute la macro:
Esto podría ayudar a evitar el mensaje de error que está viendo.