Hola
Si se puede pero claro esta debes primero cerciorarte que ninguna tabla este abierta.
Segundo debes eliminar las tablas vinculadas y volveras a generar por codigo
Aqui va un ejemplo
'/*
' * Chequea los enlaces de las tablas
' */
Function CheckLinkDB() As Boolean
Dim sMDB_File As String
Dim sDataFolder As String
On Error GoTo ErrorCheckLinkDB
'Leemos registro Sistema
sDataFolder = 'Aqui mi ruta....'
sMDB_File = 'Aqui mi archivo MDB
'Elimina los vinculos existentes la tablas T son ejemplos
DoCmd.DeleteObject acTable, "T01"
DoCmd.DeleteObject acTable, "T02"
DoCmd.DeleteObject acTable, "T03"
'Se generan nuevamente los vinculos
DoCmd.TransferDatabase acLink, "Microsoft Access", sDataFolder & "\" & sMDB_File, acTable, "T01", "T01"
DoCmd.TransferDatabase acLink, "Microsoft Access", sDataFolder & "\" & sMDB_File, acTable, "T02", "T02"
DoCmd.TransferDatabase acLink, "Microsoft Access", sDataFolder & "\" & sMDB_File, acTable, "T03", "T03"
CheckLinkDB = True
ExitCheckLinkDB:
Exit Function
ErrorCheckLinkDB:
'Se produjo un error
CheckLinkDB = False
msgbox Err.Description
Resume ExitCheckLinkDB
End Function