Access - Preg para expertos (grandes cantitades de datos)

Hola, tengo una base de datos con 2 tablas. En una tabla puedo tener hasta 15000 registros. Tengo un programa que va comparando los registros de ambas tablas, y depende de lo que encuentra borra, añade un nuevo reg. etc.
El problema es que con unas decenas de registros el programa va bien, pero ya cuando intento realizar pruebas reales con los 15000 regs, el programa se bloquea y no da ningun resultado.
¿Alguien podria decirme el mejor modo para realizar estas comparaciones entre tablas en access con un nuevo tan grande de registros?? Gracias,

An

Yo creo que lo que deberías hacer es una consulta de elementos no coincidentes y realizar acciones con las diferencias, que entiendo que son menos que los aciertos.