CGI - cgi's,apache y html

Hola grupo,
tengo un problema en mi proyecto que no se como solucionar.
Resulta que tengo instalado el apache y mi proposito es dado un script
bash escrito en un formulario de una pagina web,recogerlo en un servidor

mediante un cgi que he hecho en perl,escribirlo en un fichero en el
servidor y luego ejecutarlo para devolver el resultado al
cliente(navegador).
Hasta aqui bien, pero resulta que cuando el cgi me escribe en el fichero

un script valido (por que ya lo habia provado yo antes) resulta que al
intentar ejecutarlo el interprete bash me dice "bad interpreter" y no me

deja ejecutar nada.
¿Puede ser problema de las fuentes en las que el cgi me construye el
fichero?
¿o que puede ser?
¿Alguien sabe como solucionar esto?

Muchas gracias.
Agradeceria que si alguien me responde, tambien me responda a mi e-mail.

Si envias el codigo seria de gran ayuda, asi lo veo y te digo que puede estar pasando...
Saludos